首先，专利归属的确定通常依赖于合作协议的约定。根据《中华人民共和国专利法》及相关法律法规，合作开发的专利权归属可以通过合同进行约定。如果双方在合作初期就明确约定专利的申请权和所有权归属，可以有效避免后续纠纷。例如，企业可能希望获得专利的所有权以用于市场推广和产品开发，而高校则可能希望保留部分权益以便于教学和科研使用。
其次，专利的申请主体也会影响归属。在合作中，专利可以由一方单独申请，也可以由双方共同申请。如果是共同申请，通常会在专利证书上注明所有申请人，这种情况下专利权属于共同所有人，需经全体同意方可实施或转让。
此外，合作模式的不同也会影响专利归属。例如，在委托开发模式下，企业委托高校进行技术研发，通常会将专利权归属于企业；而在联合研发模式下，双方共同投入资源，专利权可能归双方共有。因此，明确合作模式和责任分工是保障专利归属合理性的关键。
最后，专利归属问题还涉及后续的收益分配和使用权问题。即使专利归属明确，如何在实际应用中实现利益共享，也需要在合作协议中详细规定。例如，高校可能通过专利许可获得收益，企业则通过专利授权获得竞争优势，合理的分配机制有助于促进长期合作。
综上所述，企业与高校合作中的专利归属问题需要在合作前通过法律手段加以明确，确保双方权益得到合理保护，同时推动科技成果的有效转化和应用。